Un clon de Aelita es un clon que ha aparecido a lo largo de la serie en tres contextos.
Clon virtual[]
Aelita tiene la capacidad de crear clones suyos en Lyoko para engañar a los enemigos. La primera vez que lo hizo fue en el episodio 21 (Zona de gravedad cero) librándose así de los avispones. Volvió a aparecer en la segunda temporada en el episodio 39 (Un mal giro) donde Aelita lo creó para engañar a la Scyphozoa. En el episodio 49 (Franz Hopper) volvió a crear un clon volviendo a engañar a la Scyphozoa. En la cuarta temporada, el clon apareció en el episodio 86 (Un dilema de perros) que William-XANA tiró al Mar digital.
Clon polimórfico[]
Solo ha hecho una aparición, en el episodio 43 (El beso de XANA) y besó a Nicolas en presencia de Jeremie haciéndole enfadar.
Clon por Jeremie[]
Apareció en el episodio 115 (Espionaje) y se creó para que sustituyera a la verdadera Aelita mientras esta estuviera en Lyoko.